由于早秋气温高，所以在这个季节里芹菜苗期管理时，要以青梗芹菜、津南实芹、玻璃脆芹、正大黄心芹、意大利西芹等耐热性高、生长发育相对较快的中早熟品种。
芹菜在秋季的苗期管理上要注意遮阳降温、合理施肥、中耕除草。
芹菜苗期管理时要做好遮阳降温工作，在播种之后需要立即在小拱棚或平棚上覆盖双层遮阳网，做到昼盖夜揭，一直到芹菜出苗，在改成单层黑色遮阳网。在成单层遮阳网后要在晴天的中午中午前后2-3小时盖网，是与时间揭开。这样不仅可以遮阳降温，促进早出苗，提高出苗率，又能保湿，减水管理。
芹菜在秋季的进行肥水管理时次数不可过多，在播种后，只需要保持土壤湿润即可，每天应浇水一次，在幼苗破心时，可以适当浇施一成浓度的稀粪水用于提苗
在之后可根据苗床湿润情况，每两天喷水一次。在定植3d～5d后需要浇缓苗水，在20d～25d后，需追肥一次。在芹菜的中后期需要及时浇水。在收割的前10d停止浇水，利于贮藏。
由于芹菜前期生长发育速度较慢，所以在田垄中易出现杂草。在除草时一般在每次追肥前结合除草进行中耕。由于芹菜根系较浅（特别是分过苗的），中耕宜浅，只要达到除草、松土的目的即可，不能太深，以免伤及根系，反而影响芹菜生长。