目前，国内微生物肥料发展稳定，随着肥料知识的普及，广大农民朋友都已经开始不断的尝试各种新肥。想要使微生物肥料达到的功效，还需要注意三个方面。
微生物肥料是指含有特定微生物活体的制品，通过其所含有微生物的活动，增加植物养分的供应量或促进植物生物生长，提高产量，改善农产品品质及生态环境。目前，微生物肥料主要包括微生物接种剂、复合微生物肥料和生物有机肥。
微生物肥料因其成分构成的特殊性，在使用时要特别注意，如果方法不得当，其中的微生物活动就会受到抑制，甚至不会发生作用，因此，专家提醒，微生物肥料在使用时应注意以下几点：
1.控制化肥在土壤中的浓度。肥料中的化肥和微生物菌剂通常会发生接触，而这两者的接触对微生物活性会产生一定的影响。举例来说，固氮菌在低浓度随时间的延长，活菌数反而会增加，而解磷菌和解钾菌都具有中间活菌减少后期增加的现象，即在一定化肥浓度范围内无机养分可以促进固氮菌的生长，化肥在低浓度是能够促进解钾菌的生长。
2.巧妙搭配有机肥等肥料。微生物肥料与有机肥混合沤制（严格控制高温），能起到增效作用。配合使用复合肥、叶面肥、CO2气肥，这样能更有效控制硝酸盐、亚硝酸盐含量。
3.配合使用农业技术措施。改善土壤环境条件对微生物的活动和繁殖有着重要的作用。因此，土壤要采取深耕翻措施，搞好中耕，作好排涝防旱工作。还要抓好秸秆还田，增施有机肥等措施，始终保持耕作层的碳源充足和疏松、湿润环境，从而发挥微生物肥料增产增效的肥力作用。