在生产黑木耳的过程中经常会发生杂菌及病虫害，它们将会严重影响黑木耳质量，尤其是在高温以及适宜气温的季节。
一、常见杂菌以及防治措施：
1、木霉：
木霉污染，污染初期菌丝表现为白色，之后慢慢产生绿色的孢子而转变成浅绿色，进而为深绿色。木霉主要产生在菌种瓶还没有萌发的料内以及没有的耳基上，若是处理不及时，扩大蔓延就非常快，病区的木耳菌丝不可以生长或是生长不良。
防治措施：培养基应该，在菌袋出耳期产生木霉，可以首先把菌袋放置在阳光下晾晒1到2天，再使用零点二或零点一的高锰酸钾或是零点二多菌灵溶液喷洒消毒处理。
2、毛霉生根霉：起初是为浅白色在25摄氏度到35摄氏度的条件下，它的菌丝以及假根长入培养基之后向上伸出非常长的孢子柄，在顶端是为黑色的孢子襄。它的危害是隔绝氧气，争夺营养成分以及水，分泌毒素，对黑木耳菌丝的生长发育影响非常大。
防治措施：可以参照木霉防治技巧。培养基必要要，在菌袋出耳期间产生木霉，可以首先把菌袋放置在阳光下晾晒1到2天，再使用零点二或是零点一的高锰酸钾或是零点二的多菌灵溶液喷洒消毒。
二、常见虫害及防治措施：
1、线虫：线虫是一种没有颜色的小蠕虫，体形非常小，只有1毫米左右，需要在显微镜下观察。线虫对木耳菌丝造成危害，致使培养料产生一种暗色潮湿没有木耳菌丝的病区，经常会产生刺激性的味道。
我们可以使用甲基臭熏蒸能够杀死线虫，浓度是为每小时600毫克/升。
2、跳虫：跳虫是弹尾目的昆虫，看起来相似与烟灰，我们又称它为烟灰虫。对食用菌造成危害的主要是紫跳虫，跳虫体长大约在2毫米-3毫米，全身呈现紫黑色。
在栽培养室出现跳虫，可以喷施零点一的鱼藤精或是除虫菊脂。