番茄细菌性斑疹病病害应选用优质、抗病种的品种进行传播，可及时防治病害的发生。
（1）选用耐病品种。
（2）在干旱地区采用滴灌或沟灌，尽可能避免喷灌。
（3）建立无病种子田，确保种子不带菌是杜绝病害传播的根本措施；种子用1%次氯酸钠溶液+云大-120500倍液，浸种20-30分钟，再用清水冲洗干净后催芽播种。
（4）初发病时用“天达2116”800倍液+“天达诺杀”1000倍液、77%多宁可湿性粉剂600倍液、70%可杀得101可湿性粉剂800倍液、新植霉素4000倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液喷雾，每隔7-10天喷1次，连喷3次。
一、农业防治：
（1）移栽前或收获后，田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬、晒土，促使病残体分解，减少病源和虫源。
（2）育苗的营养土要选用无菌土，用前晒三周以上；
（3）和非本科作物轮作，水旱轮作。
（4）选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂。
（5）育苗移栽，播种后用药土覆盖，移栽前喷施一次除虫剂，这是防病的关键。
（6）适时早播，早移栽、早培土、早施肥，及时中耕培土，培育壮苗。移栽时汰除病、弱苗。
（7）选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度，这是防病的重要措施。
（8）土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前撒施或沟施杀虫的药土，
（9）施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，不用带菌肥料，施用的有机肥不得含有本科作物病残体。
（10）采用测土配方施肥技术，适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。
（11）及时防治害虫，减少植株伤口，减少病菌传播途径；发病时及时病叶、病株，并带出田外烧毁，病穴施药或生石灰。
（12）嫁接防病，用野生水茄、毒茄或红茄作砧木，栽培茄作接穗，采用劈接法嫁接，可减轻病害。
（13）加强水肥管理，控制好棚室内的湿度，及时通风排湿。减少果实受伤。果实成熟后及要及时采收，摘除病果，清理落地果。嫁接防病，用野生水茄、毒茄或红茄作砧木，栽培茄作接穗，采用劈接法嫁接，确有实效。
（14）严格执行检疫制度，疫区种子、果实等不准外运，非疫区不用疫区种子。
二、物理防治：
用56℃恒温水浸种30分钟后，冷水冷却后催芽播种。
三、生物防治：
发病时喷施生物制剂：
72.2%农用链霉素可湿性粉剂4000倍液
90%新植霉素可湿性粉剂4000倍液
四、化学防治：
（1）种子：
1.05%次氯酸钠浸种20-40分钟。浸种后用清水冲洗掉药液，稍晾干后催芽。
（2）发病时喷施：
77%丰护安（可杀得、冠菌铜、氢氧化铜）可湿性粉剂800倍液
53.8%可杀得2000干悬浮剂600倍液
20%噻菌灵（龙克菌）悬浮剂500倍液
14%络氨铜水剂300倍液
隔10天1次，连续防治2-3次。